Mit der Endoskopischen Mukosaresektion (EMR) können frühe gastrointestinale Karzinome oder deren Vorstufen  (z.B. polypoide Veränderungen) ebenso erfolgreich entfernt werden wie mit einer Operation. Bei der EMR wird das zu entfernende Geweben mit einer Flüssigkeit unterspritzt, danach kann die Schleimhautoberfläche mit einer Endoskopieschlinge abgetragen werden. In besonderen Fällen kann eine durchsichtige Kappe, die auf das Endoskop aufgesetzt wird, zu Hilfe genommen werden.